Olivier Cornelis

Olivier Cornelis

Médecin Psychiatre (interne) & développeur / data scientist autodidacte.

Outils

Note : Le contenu original de cette page est en anglais. Les pages françaises ont été traduites automatiquement par IA et peuvent contenir des formulations imparfaites, notamment en terme de ton. Pour une vision plus fidèle de mon site, consultez la version anglaise via le sélecteur en haut à droite.

Sur cette page, j’essaie de garder une trace des ressources qui peuvent être utiles aux internes en psychiatrie. Dans chaque section, je fais de mon mieux pour ordonner par ordre d’importance.

Outils pratiques

Certains de ces outils sont de moi ; leurs descriptions complètes sont sur PROJETS. (Pour être clair : aucune donnée de patient n’est jamais impliquée, pas même anonymisée, et pas même sur des serveurs que j’héberge moi-même.)

  • J’ai fait psychiatheque, une recherche dans les recommandations de psychiatrie qui affiche le passage correspondant sur sa page d’origine, pour lire la source elle-même plutôt qu’un résumé. Instance publique, code source du logiciel.

  • J’ai fait justelesRCP pour consulter plus vite les données des médicaments : les RCP officiels (données ouvertes ANSM/BDPM/EMA, environ 15 600 médicaments) sur un site rapide et sans publicité, avec une recherche en langage naturel basée sur l’IA. Code source.

  • J’ai fait neurarium, un atlas de neuroanatomie en 3D couvrant les régions, les projections, les récepteurs, les psychotropes et leur métabolisme, avec un niveau de sourçage indiqué sur chaque entrée pour savoir ce qui est solide et ce qui l’est moins. Instance publique, code source.

    capture de neurarium

  • Sur pdf.olicorne.org j’héberge des outils PDF (rotation, suppression de pages, découpage, fusion, reconnaissance de texte, etc.) qui tournent entièrement dans votre navigateur : votre PDF n’atteint jamais un serveur. Il s’agit d’une instance de BentoPDF.

  • J’ai fait WebSend pour numériser des documents sans scanner à plat : ouvrez la page sur votre téléphone et sur l’ordinateur, et la photo passe directement de l’un à l’autre, chiffrée de bout en bout. Instance publique, code source.

  • J’ai fait Parakeet Web pour transcrire la parole en texte sur des machines verrouillées : le modèle tourne dans le navigateur lui-même, donc rien n’est envoyé nulle part. Il peut charger un affinage médical français que j’ai entraîné (modèle, à partir d’un jeu de données ouvert que j’ai construit pour l’occasion) : 7-8x moins d’erreurs que le modèle de base sur le vocabulaire médical technique, la parole ordinaire restant pour ainsi dire inchangée. Les deux sont sous licence libre, donc n’importe quelle équipe ou n’importe quel éditeur peut les réutiliser plutôt que de les refaire. Instance publique, code source.

Prescription

Informations générales sur les médicaments

Interactions enzymatiques

  • PharmFreq : de jolis widgets qui cartographient la fréquence mondiale des variants pharmacogénétiques. Pratique pour estimer la probabilité d’un phénotype métaboliseur donné chez un patient selon l’origine géographique de sa famille.
  • M’a été recommandé : DDI-Predictor, par les Hospices Civils de Lyon et / ou l’Université Claude Bernard Lyon I, Lyon, France.
  • Semble plutôt complet et m’a été recommandé : ClinPGx (anciennement PharmGKB).
    • J’ai remarqué au moins une fois une simplification assez importante : le texte sur ClinPGx mentionnait un cytochrome comme étant le principal, alors que la source expliquait en fait que celui-ci était celui qui se liait le plus à la molécule mais comme il était moins présent, il n’était en fait pas le principal métaboliseur du médicament donné.
    • Ma conclusion est que la manière la plus fiable de vérifier les voies enzymatiques des médicaments est d’utiliser ClinPGx pour raisonner mais ensuite de lire tous les résumés des sources sous-jacentes pour réduire les chances que cela se reproduise.
  • Drug Interaction Flockhart Table (tableau principal, recherche) : initialement prometteur, semble citer les sources de manière systématique mais pas encore sûr de l’exhaustivité, 2021 initialement mais serait mis à jour 2 fois par an.
    • Mais : ne mentionne pas par exemple la lamotrigine, et seulement une partie des interactions enzymatiques connues de la venlafaxine.
  • En français, de Suisse :
  • SuperCYPsPred, 2020 : ce site web de recherche semblait contenir des outils prometteurs mais ils semblaient mal gérer leurs certificats HTTPS.

Effets indésirables

  • VigiAccess, par l’OMS (accès aux données VigiBase) : effets indésirables des médicaments tels que déclarés dans le monde, par exemple pour vérifier si un médicament a déjà été impliqué dans des cas de catatonie. Il s’agit de déclarations spontanées, elles n’indiquent donc pas la fréquence d’un effet.

Formules, échelles cliniques et scores

Clinique

Psychothérapie

  • TCC Montréal : une très bonne ressource en français sur les thérapies cognitives et comportementales (TCC).

Divers